中心站在闽江口以南海域设有平潭、崇武、厦门、东山4个连续、长期、定点的海洋观测站，同时管辖秀屿、晋江、翔安、龙海、古雷5个无人自动值守观测点、4个GPS观测点、2个宽频地震台站、4个X波段测波雷达站及4个3米浮标，开展潮汐、水温、盐度、海浪、海流、气象及GPS、地震波等项目观测。

厦门海洋观测工作主要由厦门海洋环境监测站承担。厦门海洋环境监测站是个百年老站，观测工作起源于1903年英国人设立的潮位水尺观测，观测资料正式纪录开始于1905年；该站隶属关系先后经历厦门海关、厦门港务局、东海舰队航保处、厦门气象台，1966年正式隶属国家海洋局管理。

在原有国家基本点鼓浪屿、翔安测点基础上，通过厦门市政府经费支持，在厦门海域建设五通码头、现代码头、海投码头、马銮码头、高崎渔港5个防汛验潮点，布设4个3米浮标，2套浪流在线观测系统，逐步实现厦门海域的精细化观测。

由国家海洋局东海分局布设在台湾海峡、东海南部的5个大型浮标及福建省海洋预报台布设的1-5号大型浮标、海峡1、2号大型浮标组成，厦门中心站可实时获取浮标观测资料。