国家海洋局厦门海洋环境监测中心站（福建省厦门海洋环境监测中心）监测体系主要由中心站监测室和厦门、东山、崇武、平潭海洋环境监测站组成，负责福建省近远海和闽江口以南近岸海域海洋环境质量监测与调查工作。
    中心站现有海洋化学、海洋生物、水产养殖、环境监测、海洋水文等专业监测人员30余名、化学检测及生物鉴定实验室近40间；配备显微镜、气相色谱仪、原子吸收分光光度计、微波消解仪、原子荧光光度计、荧光分光光度计、紫外可见分光光度计、多参数水质快速测定仪等50多台先进的仪器设备，具有海洋水文气象、痕量金属元素、有机农残、贝类毒素、微生物、赤潮生物等90多个项目的检测或鉴定能力；拥有绞车、颠倒采水器、卡盖式有机玻璃采水器、石油类专用采样器、箱式采泥器、重力式柱状采泥器、浮游生物网等种类齐全的外业采样工具，可承担建设项目海洋环境跟踪监测，区域性海洋环境质量监测以及各类海洋环境专项调查项目。
    2002年，中心站实验室顺利通过了国家认证认可监督管理委员会评审，成为国家级资质认定计量认证（CMA）实验室。